AhdI检测体系包含五大核心验证模块:
酶活性测定:通过λDNA标准底物切割实验计算单位时间内的酶切效率(U/μL),采用终点法测定37℃条件下1小时完全消化1μg DNA所需的酶量
特异性验证:使用含GACNNNNGTC特异识别位点的合成DNA片段进行双盲测试,验证非目标位点的零切割率及目标位点的完全消化率
纯度分析:通过SDS-PAGE电泳测定蛋白质纯度(≥95%),HPLC检测核酸外切酶残留量(≤0.01%)及宿主蛋白污染(≤0.1%)
稳定性测试:-20℃长期储存(12个月)及4℃短期保存(72小时)后的活性衰减率测定
Star活性筛查:在高浓度酶(10×推荐用量)及非标准缓冲体系下进行异常切割模式监测
本检测方案适用于以下生物样本类型:
样本类别 | 处理要求 | 关键参数 |
---|---|---|
重组表达AhdI酶液 | 浓度≥5mg/mL;保存于50%甘油-Tris缓冲液 | 比活性≥20,000U/mg |
冻干酶制剂 | 水分含量≤3%;复溶后pH7.5±0.3 | 批次间活性差异≤5% |
基因工程产物 | DNA底物长度≥10kb;超螺旋占比≥90% | 非特异性切割位点≤1个/μg DNA |
诊断试剂组分 | 符合ISO13485体系要求;内毒素≤10EU/mL | DNase/RNase残留未检出 |
执行标准参照《分子生物学用工具酶检验规程》(GB/T 34797-2017)及《中国药典》四部通则:
琼脂糖凝胶电泳法
配制1%琼脂糖凝胶(含0.5μg/mL溴化乙锭)
反应体系:1μg λDNA+10×缓冲液+梯度稀释酶液(0.1-10U),37℃孵育60分钟
终止反应后电泳(5V/cm×40min),通过DNA条带迁移率计算完全消化所需最小酶量
高效液相色谱法(HPLC)
色谱柱:TSKgel G3000SWxl(7.8mm×30cm)
流动相:50mM磷酸钠+150mM NaCl(pH6.8)流速0.5mL/min
紫外检测波长280nm,通过峰面积积分计算主成分占比
荧光定量PCR法
设计跨越GACNNNNGTC位点的TaqMan探针(FAM标记)
建立标准曲线测定未切割模板量与Ct值的线性关系(R²≥0.99)
计算酶切效率=1-(切割后模板量/初始模板量)×100%
微量热泳动技术(MST)
使用Monupth NT.115设备进行结合常数测定
荧光标记DNA探针与AhdI的Kd值应≤10nM
温度梯度设定:22-40℃(ΔT=6℃/min)
主要配置设备及其技术参数如下:
Nanodrop OneC超微量分光光度计
• 波长范围:190-850nm
• 光程调节:0.05mm(高浓度模式)-10mm(低浓度模式)
• 重复性误差:≤1.5%(BSA标准品)
Bio-Rad ChemiDoc MP成像系统
• 像素分辨率:4.2百万(2048×2048)
• 动态范围:4个数量级(化学发光模式)
• 标配Ethidium Bromide/FAM/Cy3/Cy5四通道滤光片
Agilent 1260 Infinity II HPLC系统
• 二元梯度泵精度:±0.15% RSD
• 柱温箱控温范围:4-80℃±0.5℃
• 二极管阵列检测器波长精度:±1nm
Tycho NT.6蛋白质稳定性分析仪
• 温度分辨率:0.05℃
• 样品通量:6个/批次
• 可同步测定Tm值及聚集起始温度(Tagg)