高通量基因测序技术应用检测

检测项目

全基因组测序、外显子组测序、转录组测序（RNA-seq）、宏基因组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序）、ATAC-seq（转座酶可及性染色质测序）、甲基化测序（WGBS）、miRNA测序、lncRNA测序、circRNA测序、16SrRNA基因测序、ITS区域测序、全外显子捕获测序、目标区域捕获测序（Panel-seq）、扩增子测序（Amppcon-seq）、长读长测序（Long-readseq）、短读长测序（Short-readseq）、结构变异检测（SV-seq）、拷贝数变异分析（CNV-seq）、点突变筛查（SNP-seq）、插入缺失分析（Indel-seq）、融合基因检测（Fusion-seq）、病毒基因组组装（Viral-seq）、细菌耐药性分析（AMR-seq）、肿瘤突变负荷评估（TMB-seq）、免疫组库分析（TCR/BCR-seq）、表观遗传标记分析（Epigenetic-seq）、代谢通路关联分析（Pathway-seq）、环境微生物多样性评估（Eco-microbiomeseq）

检测范围

血液样本（全血/血浆/血清）、唾液样本（口腔拭子/唾液收集器）、组织活检样本（新鲜/冷冻组织）、FFPE样本（福尔马林固定石蜡包埋组织）、细胞培养物样本（贴壁/悬浮细胞系）、尿液样本（晨尿/随机尿）、粪便样本（肠道微生物组分析）、脑脊液样本（CSF采集物）、骨髓穿刺物样本、羊水样本（产前诊断）、胎盘组织样本、精液样本（精子DNA提取物）、皮肤刮片样本、肿瘤组织样本（原发/转移灶）、植物叶片样本（DNA提取物）、土壤样本（环境微生物组分析）、水体样本（河流/湖泊沉积物）、空气颗粒物样本（PM2.5过滤器收集物）、食品基质样本（肉类/蔬菜提取物）、动物毛发样本（野生动物监测物）、昆虫标本样本（DNA条形码分析物）、真菌孢子样本（培养分离物）、细菌纯培养物样本、病毒分离物样本（临床分离株质控品）、古DNA提取物样本（考古遗骸处理品）、合成DNA对照品样本（阳性/阴性对照品质控品）

检测方法

Illumina平台技术采用桥式PCR扩增和边合成边测序原理；通过文库制备步骤包括DNA片段化、末端修复和接头连接；适用于短读长序列生成；支持大规模并行处理；数据输出量可达TB级。

PacBioSMRT技术基于单分子实时测序原理；利用零模波导孔进行长读长捕获；适用于结构变异和复杂区域分析；平均读长超过10kb；减少组装错误率。

IonTorrent半导体技术通过pH变化检测核苷酸掺入；无需光学系统；快速运行周期；适合靶向区域快速筛查；通量中等。

OxfordNanopore技术采用纳米孔电流传感原理；直接读取DNA分子；支持超长读长和实时分析；便携式设备适用现场应用。

文库制备方法包括TruSeq建库流程；涉及片段选择大小优化；使用磁珠纯化去除杂质；适配不同样品类型如FFPE。

质量控制步骤涵盖Qubit定量和AgilentBioanalyzer片段分布评估；确保文库浓度和大小符合标准。

数据分析流程包括FastQC原始数据质控；BWA或Bowtie比对参考基因组；GATK变异调用算法进行SNP/Indel识别。

宏基因组分析方法采用Kraken或MetaPhlAn分类工具；评估微生物群落组成。

单细胞技术基于10xGenomics平台；通过微流体分选捕获单个细胞；cDNA扩增后进行文库构建。

甲基化分析方法包括亚硫酸盐转化处理；Bisulfite-seq数据比对计算甲基化位点。

检测标准

ISO/IEC17025:2017测试和校准实验室能力的一般要求

ISO20395:2018生物技术—核酸定量的要求—一般原则和方法

ISO15189:2022医学实验室—质量和能力的要求

GB/T30988-2014高通量基因测序数据质量评价规范

GB/T37871-2019生物样品中核酸提取与纯化的技术要求

CLSIMM19-A2分子诊断方法的验证指南

ENISO22870:2016即时检验—质量和能力的要求

FDAGuidanceforIndustry:BioanalyticalMethodVapdation

CAPMulecularPathulogyCheckpst(MOL)2023版

NCCNGuidepnes:MulecularTestingStandardsforSupdTumors

检测仪器

IlluminaNovaSeq6000系统用于大规模全基因组或转录组项目；通量高达6Tbperrun；支持双流动槽设计；应用包括肿瘤突变谱分析和群体遗传学研究。

PacBioSequelIIe系统基于SMRT芯片技术；提供HiFireads高精度长读长数据；适用于复杂基因组组装和结构变异探测。

ThermoFisherIonGeneStudioS5系列采用半导体芯片阵列；快速运行时间小于24小时；适合靶向panel筛查如癌症驱动基因。

OxfordNanoporeMinION设备为便携式纳米孔平台；直接读取未修饰DNA分子；应用场景包括野外病原体监测和环境DNA分析。

AgilentBioanalyzer2100系统进行核酸片段大小分布评估；通过微流控芯片电泳原理确保文库质量符合标准。

QubitFluorometer使用荧光染料定量核酸浓度；灵敏度高至pg/μl级别避免PCR偏差。

CovarisM220聚焦超声仪用于DNA片段化控制大小范围在100-500bp之间优化文库构建效率。

TecanFreedomEVO液体处理工作站自动化移液步骤减少人为误差提高样品通量处理能力。

Bio-RadCFX96Real-TimePCR系统用于文库定量验证通过qPCR方法确保输入量一致性。

IlluminaMiSeq桌面型平台适合小型项目如扩增子或靶向区域验证运行时间短于48小时支持快速反馈。

检测优势

1. 确保安全：通过检测可以确保防爆用呆扳手的安全性，防止在使用过程中引发火灾或爆炸。

2. 提高质量：通过检测可以提高防爆用呆扳手的产品质量，增强其市场竞争力。

3. 延长使用寿命：通过检测可以发现呆扳手的潜在问题，及时进行维修和更换，延长其使用寿命。

4. 降低维护成本：通过定期检测可以及时发现呆扳手的问题，避免因故障导致的停机和维修成本。

5. 提高工作效率：通过检测可以确保呆扳手的正常使用，提高工作效率，减少因工具故障导致的生产损失。

　　以上是关于高通量基因测序技术应用检测相关的简单介绍，具体试验/检测周期、方法和步骤以与工程师沟通为准。北检研究院将持续跟进新的技术和标准，工程师会根据不同产品类型的特点，选取相应的检测项目和方法，以最大程度满足客户的需求和市场的要求。