核苷酸修饰位点验证试验

检测项目

5-甲基胞嘧啶 (5-mC)：验证DNA中胞嘧啶第5位碳原子的甲基化修饰，是表观遗传学研究中最核心的检测项目之一。

N6-甲基腺嘌呤 (6-mA)：验证DNA或RNA中腺嘌呤第6位氮原子的甲基化修饰，在原核生物DNA和真核生物RNA中均有重要意义。

5-羟甲基胞嘧啶 (5-hmC)：验证DNA中胞嘧啶的羟甲基化修饰，是5-mC去甲基化过程中的重要中间产物，与基因调控相关。

假尿嘧啶 (Ψ)：验证RNA中尿嘧啶的异构化修饰，是RNA中最丰富的修饰之一，影响RNA的结构与功能。

N1-甲基腺嘌呤 (m1A)：验证RNA中腺嘌呤第1位氮原子的甲基化修饰，存在于tRNA、rRNA及mRNA中，调控翻译。

2‘-O-甲基化 (Nm)：验证RNA核糖2‘-氧原子的甲基化修饰，广泛分布于各类RNA，可增强RNA稳定性和影响剪接。

7-甲基鸟嘌呤 (m7G)：验证mRNA 5‘端帽子结构或内部tRNA/rRNA中鸟嘌呤第7位氮原子的甲基化修饰。

肌苷 (I)：验证RNA中腺嘌呤经过腺苷脱氨酶作用产生的修饰，在密码子扩展和免疫调节中起关键作用。

胞嘧啶甲酰化/羧基化 (5-fC/5-caC)：验证DNA中5-mC经TET蛋白氧化后产生的进一步氧化产物，是活跃去甲基化的标志。

修饰动态与定量分析：不仅验证修饰位点的存在，还需对其修饰水平进行定量，并分析其在不同生理病理条件下的动态变化。

检测范围

基因组DNA：检测来自细胞、组织或体液样本的基因组DNA中的各种碱基修饰，如5-mC、5-hmC等。

信使RNA (mRNA)：检测mRNA内部（非帽子结构）的多种修饰，如m6A、m5C等，研究其对稳定性及翻译的调控。

转运RNA (tRNA)：检测tRNA上高度密集且种类繁多的修饰，这些修饰对tRNA的正确折叠和功能至关重要。

核糖体RNA (rRNA)：检测rRNA上的保守修饰位点，研究其对核糖体组装和蛋白质合成效率的影响。

非编码RNA (ncRNA)：包括microRNA、lncRNA等非编码RNA上的修饰，探索其新的调控功能。

病毒核酸：检测病毒基因组DNA或RNA中的修饰，研究修饰对病毒复制、免疫逃逸及致病性的影响。

线粒体DNA：检测线粒体基因组特有的修饰模式，及其在能量代谢和细胞凋亡中的作用。

游离核酸：检测血液等体液中循环游离DNA/RNA的修饰特征，用于液体活检和疾病标志物开发。

合成寡核苷酸：验证化学合成或酶法合成的寡核苷酸中特定修饰的成功引入，用于药物开发和质量控制。

古生物或特殊环境样本DNA：检测降解或特殊保存条件下样本中的核酸修饰，用于进化与考古学研究。

检测方法

亚硫酸氢盐测序 (BS-seq)：将未甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶，而5-mC保持不变，通过高通量测序在单碱基分辨率上绘制DNA甲基化图谱。

抗体免疫沉淀法 (MeRIP/RIP-seq)：利用特异性抗体富集含有特定修饰（如m6A）的RNA片段，随后进行测序分析，用于全转录组修饰定位。

液相色谱-质谱联用 (LC-MS/MS)：将核酸酶解为单核苷或寡核苷后，通过色谱分离和质谱检测，对修饰进行绝对定量和化学鉴定。

化学标记与捕获技术：利用修饰的特异性化学反应（如APOBEC介导的化学标记），将生物素等标签引入修饰位点，进而富集测序。

单分子实时测序 (SMRT) / 纳米孔测序