短链脂肪酸:主要包括乙酸、丙酸、丁酸等,是肠道菌群发酵膳食纤维的主要终产物,对宿主能量代谢和免疫调节至关重要。
胆汁酸谱:检测初级和次级胆汁酸的种类与浓度,用于评估肝脏功能、肠道菌群代谢活性及与疾病(如代谢综合征)的关联。
氨基酸及其代谢物:包括支链氨基酸、芳香族氨基酸及其衍生物(如吲哚丙酸),反映蛋白质消化吸收及菌群对氨基酸的转化能力。
三甲胺及氧化三甲胺:TMAO是肠道菌群代谢胆碱和肉碱的产物,是心血管疾病风险的重要生物标志物。
酚类和吲哚类化合物:如对甲酚、硫酸吲哚酚等,由菌群代谢芳香族氨基酸产生,与尿毒症毒素和肠道健康密切相关。
维生素:特别是B族维生素(如B12、叶酸)和维生素K,评估肠道菌群合成维生素的能力及其对宿主的营养贡献。
神经活性物质:如5-羟色胺、γ-氨基丁酸、多巴胺等,研究肠-脑轴通信中菌群代谢物对神经系统的影响。
脂质代谢物:包括游离脂肪酸、氧化脂质、内源性大麻素等,揭示肠道代谢在全身脂质平衡和炎症反应中的作用。
碳水化合物代谢物:如果糖、乳酸、琥珀酸等中间产物,反映肠道内糖酵解和三羧酸循环的代谢流状态。
肠道气体成分:如氢气、甲烷、硫化氢等,通过呼吸或腔内检测,评估菌群发酵类型及与肠易激综合征等疾病的联系。
粪便样本:最常用的样本类型,包含大量未吸收的代谢物和菌群代谢产物,能综合反映远端结肠的代谢状况。
血液样本:检测进入循环系统的肠道代谢物(如TMAO、胆汁酸),用于研究其对全身系统的影响。
尿液样本:收集肾脏排出的肠道代谢物及其宿主转化产物(如硫酸吲哚酚),提供非侵入性的代谢终点信息。
肠道内容物:从不同肠段(回肠、结肠)获取的内容物,用于研究代谢物在肠道内的区域分布和梯度变化。
肠道组织:分析肠黏膜组织中的代谢物,研究其局部效应,如丁酸对肠上皮细胞的能量供应和基因表达调控。
细胞培养上清:在体外共培养模型中,分析细菌或细胞系对特定底物的代谢产物,用于机制研究。
体外发酵模型:如SHIME模型,模拟人体胃肠道环境,动态监测不同肠段代谢物的产生与变化。
动物模型样本:从小鼠、大鼠等模式动物获取的各类样本,用于在体研究饮食、药物或疾病对肠道代谢的影响。
无菌动物与定植模型:通过对比无菌动物与特定菌株定植动物的代谢谱,明确单一菌株或菌群的代谢功能。
人群队列样本:大规模收集人群的生物样本,进行横断面或纵向研究,寻找与健康或疾病状态相关的特征性代谢标志物。
气相色谱-质谱联用:适用于挥发性或经衍生化后具有挥发性的代谢物(如SCFAs、有机酸),具有高分离效率和灵敏度。
液相色谱-质谱联用:当前主流技术,尤其适用于非挥发性、热不稳定及大分子极性代谢物(如胆汁酸、氨基酸、脂质)的高通量靶向/非靶向分析。
核磁共振光谱法:一种非破坏性、无需复杂前处理的技术,能对样本进行全局性代谢轮廓分析,并提供化合物结构信息。
酶联免疫吸附测定:用于特定单一代谢物(如特定胆汁酸、TMAO)的高通量、快速定量检测,操作简便但通量有限。
离子色谱法:特别适用于无机离子和短链有机酸的高效分离与定量,常与电导或质谱检测器联用。
高效液相色谱-荧光检测法
高效液相色谱-荧光检测法:对于具有天然荧光或可衍生化为荧光物质的化合物(如部分胺类、维生素),具有高选择性和灵敏度。
毛细管电泳-质谱联用:基于样品组分的电泳迁移率进行分离,特别适合高极性、带电代谢物(如核苷酸、糖类)的分析。
薄层色谱法:一种经典的半定量筛查方法,设备简单、成本低,可用于部分脂类和胆汁酸的初步分析。
生物传感器技术:利用酶、细胞或抗体等生物识别元件,实现对特定代谢物(如葡萄糖、乳酸)的实时、在线监测。
稳定同位素示踪技术:使用同位素标记的前体物质(如13C-葡萄糖),追踪其在肠道内的代谢流向和转化速率,用于动态功能研究。
气相色谱-质谱联用仪:核心设备,包含气相色谱模块用于分离,质谱模块用于鉴定与定量挥发性及衍生化代谢物。
液相色谱-质谱联用仪:尤其是超高效液相色谱与高分辨质谱(如Q-TOF, Orbitrap)的联用系统,是进行深度代谢组学研究的黄金标准。
核磁共振波谱仪:通常使用高场强(如600 MHz及以上)的NMR仪,用于获取样本中所有氢原子或碳原子的共振信号以解析代谢物。
全自动样品前处理工作站:实现样本的称量、稀释、萃取、衍生化等步骤的自动化,提高通量、重现性和准确性。
超低温冰箱:用于长期稳定保存生物样本(如粪便、血液),通常要求-80°C以保持代谢物的稳定性。
冷冻干燥机:用于去除粪便等样本中的水分,便于后续均质、称量和提取,同时减少水分对分析的干扰。
高速冷冻离心机:用于快速分离样本中的固体残渣、蛋白质和上清液,获取澄清的待测液。
酶标仪:与ELISA试剂盒配套使用,用于读取微孔板中反应产物的吸光度或荧光强度,实现快速定量。
离子色谱仪:配备抑制型电导检测器或质谱检测器,专门用于阴离子、阳离子及有机酸的分析。
体外模拟发酵系统:如多室连续发酵系统,可控制pH、温度、停留时间等参数,模拟人体肠道环境进行动态代谢研究。
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