CROPseq-puro-v2检测

检测项目

CROPseq-puro-v2检测体系包含以下核心验证项目：

载体结构完整性验证：通过限制性内切酶图谱分析和Sanger测序确认载体骨架序列、sgRNA插入位点及启动子区域的序列准确性

慢病毒包装效率测试：采用p24 ELISA法定量测定病毒颗粒浓度，qPCR法测定病毒基因组滴度

转导效率评估：使用报告基因系统（如GFP标记）结合流式细胞术测定不同MOI条件下的转导效率

sgRNA表达稳定性分析：通过RT-qPCR定量测定转导后不同时间点的sgRNA表达水平

嘌呤霉素抗性筛选效能测试：建立细胞存活曲线以确定最低有效筛选浓度及最佳筛选时间窗口

脱靶效应评估：采用全基因组测序(WGS)结合生物信息学分析潜在脱靶位点

检测范围

本检测方案适用于以下研究场景：

CRISPR文库构建质量验证：包括单克隆验证、混合文库复杂度分析及功能均一性测试

基因功能筛选实验体系验证：涵盖HEK293T、HCT116等常用细胞系的兼容性测试

基因敲除/激活效率标准化评估：针对不同sgRNA设计方案的编辑效率比较分析

长期培养实验体系验证：包括载体稳定性测试（≥14代细胞传代）及抗性维持能力评估

多组学联合分析前处理：为转录组测序(RNA-seq)、蛋白质组学分析提供标准化样本制备指导

检测方法

主要采用以下标准化实验方法：

分子生物学分析：

限制性酶切分析使用EcoRI/HindIII双酶切体系（37℃反应4小时）

Sanger测序采用M13通用引物进行双向测序（覆盖率≥99%）

数字PCR定量分析载体拷贝数变异（CV值≤15%）

细胞生物学检测：

流式细胞术采用BD FACSAria III系统进行（收集≥10,000个有效事件）

细胞存活率测试通过CCK-8法连续监测5天（数据采集间隔12小时）

克隆形成实验使用6孔板进行（接种密度500 cells/well）

生物信息学分析：

NGS数据分析采用Bowtie2比对和MAGeCK算法进行sgRNA丰度统计

脱靶预测整合CRISPOR、Cas-OFFinder等算法进行交叉验证

检测仪器

执行检测所需的主要仪器设备包括：

分子生物学平台：

Appped Biosystems 3500xL基因分析仪（Sanger测序）

Bio-Rad QX200微滴式数字PCR系统（绝对定量分析）

Agilent 4200 TapeStation系统（核酸质量评估）

细胞分析平台：

BD FACSAria III流式细胞分选仪（3激光8色配置）

Sartorius Incucyte S3活细胞成像系统（长期动态监测）

Tecan Spark多功能酶标仪（CCK-8法吸光度测定）

高通量测序平台：

Illumina NovaSeq 6000测序仪（WGS分析）

Oxford Nanopore GridION系统（长片段验证）

生物信息学平台：

Dell EMC PowerEdge R940xa服务器集群（数据分析）

Cytiva AKTA pure蛋白纯化系统（对照样品制备

北检(北京)检测技术研究院

报告：可出具第三方检测报告(电子版/纸质版)。

检测周期：7~15工作日，可加急。

资质：旗下实验室可出具CMA/CNAS资质报告。

标准测试：严格按国标/行标/企标/国际标准检测。

非标测试：支持定制化试验方案。

售后：报告终身可查，工程师1v1服务。

　　以上是关于CROPseq-puro-v2检测相关的简单介绍，具体试验/检测周期、方法和步骤以与工程师沟通为准。北检研究院将持续跟进新的技术和标准，工程师会根据不同产品类型的特点，选取相应的检测项目和方法，以最大程度满足客户的需求和市场的要求。